As Agências ou Unidades Transfusionais são serviços de Hemoterapia Intra-hospitalares que tem como principal objetivo o armazenamento de hemocomponentes e a realização de exames imunohematológicos. Também são responsáveis por compatibilizar  o sangue entre doador e receptor, liberando para transfusões os componentes celulares compatíveis.

Atualmente a Medicina Transfusional no Hospital de Clínicas conta com exames imunohematológicos de ponta, que garantem maior segurança na transfusão. A equipe da Agência Transfusional do HCPF também atua na qualificação profissional dos Responsáveis Técnicos que não possuem titulação em Hemoterapia das agências transfusionais de todo o Rio Grande do Sul. O curso é coordenado pela Secretaria da Saúde do RS/Hemorrede, Vigilância Sanitária do Estado, CREMERS e Hospital de Clínicas de Porto Alegre e possui seu estágio prático no Hospital de Clínicas de Passo Fundo.